Bakterie chemoautotroficzne - bakterie, które w procesie wytwarzania związków organicznych wykorzystują energię chemiczną wyzwoloną podczas utlenienia prostych związków nieorganicznych, np. bakterie nitryfikacyjne, siarkowe, żelazowe i wodorowe. Bakterie siarkowe (Beggiata, Thiotrix) utleniają siarkowodór do siarki lub inne nieorganiczne związki siarki do siarczanów. Na przykład reakcja utlenienia siarkowodoru przebiega następująco: 2H2S+O2 2H2O+ 2S+E. Wydzielona czysta siarka odkłada się w postaci ziarenek w komórkach bakterii. Bakterie siarkowe występują w środowisku bogatym w siarkowodór (np. zanieczyszczona woda, gnijące resztki organiczne) i przyczyniają się do obiegu siarki w przyrodzie. Bakterie żelazowe (Crenotrix, Leptotrix) czerpią energię z utlenienia związków żelazawych na żelazowe w obecności tlenu zgodnie z reakcją: 4FeCO3 +O2 + 6H2O 4Fe(OH)3 + 4CO2 + E. Omawiany proces prowadzi do wytrącania żelaza w organizmie i osadach dennych.