Błotniarka moczarowa jest słodkowodna. Zamieszkuje stałe zbiorniki wodne: jeziora, mokradła, rowy melioracyjne oraz kanały, rzeki i rozlewiska. Żyje także na mulistych brzegach i roślinności przybrzeżnej. W większej liczebności spotykana w niewielkich zbiornikach wodnych niż w wodzie płynącej. Preferuje wodę twardą, w wodzie z niską zawartością rozpuszczonych soli może nie przystępować do rozrodu. Toleruje niską jakość wody. Chętnie kolonizuje nowe zbiorniki wodne. Nie posiada wieczka (epifragmy). Gdy zbiornik wysycha przeciska się ujściem muszli do wilgotnego dna. Oddycha powietrzem atmosferycznym. Zimuje w wodzie lub na lądzie. Do rozrodu przystępuje na wiosnę. Składa jaja w kokonach na dnie, na wilgotną glebę i pośród liści. W jednym kokonie znajduje się do 15 jaj. Kokony mierzą ok. 4 mm. Rozwój trwa do około trzech tygodni. Wylęg odbywa się w lecie. Dojrzałość płciową osiąga między wrześniem a październikiem, przy długości muszli 4-5 mm. Po osiągnięciu dojrzałości składa jaja, z których po przezimowaniu wykluje się na wiosnę nowe pokolenie. W ciągu roku mogą wystąpić dwa-trzy pokolenia. Żyje do dwóch lat. Według IUCN ma status zagrożenia najmniejszej troski (kategoria LC). Żywi się martwą materią organiczną, glonami, pyłkiem roślinnym, oraz zmacerowanymi tkankami makrofitów.