Minóg morski zamieszkuje wody północnego Atlantyku, a także Wielkie Jeziora w Ameryce Północnej, Morze Śródziemne i Bałtyk w Europie. W Bałtyku jest nieliczny. Sporadycznie spotykany jest również w rzekach - w Polsce miejscami w dolnym i środkowym biegu Wisły i dopływach Zalewu Wiślanego.