Uczestniczy w procesie tworzenia się kości i zębów, stanowiąc w nich 90% zawartości w całym organizmie. Fluor wchodzi także w skład niektórych enzymów. Nadmiar fluoru w organizmie jest szkodliwy i wywołuje zmiany zwyrodnieniowe kości. W niewielkim nadmiarze objawia się fluorozą, tj. białymi, matowymi, a przy wyższych stężeniach żółtymi i brunatnymi plamami na zębach. Aktywny chemicznie fluor może rozrywać wiązania wodorowe białek enzymatycznych lub tworzyć z nimi trwałe kompleksy. Wynikiem tego jest osłabione działanie wielu enzymów odpowiedzialnych m.in. za przemianę glukozy. Niedobór fluoru powoduje próchnicę zębów.