W myśl Ustawy o ochronie przyrody z 2004 r. są to obszary obejmujące:
* obszary specjalnej ochrony ptaków
* specjalne obszary ochrony siedlisk
Celem powstania było ujednolicenie współdziałania wielu instytucji wspierających ochronę danych obszarów, pokonanie niedostatku wiedzy o krajowych zasobach różnorodności przyrodniczej, mobilizacja znacznych środków finansowych oraz uzyskanie powszechnej społecznej akceptacji obszarów proponowanych do ochrony. Poszczególne kraje członkowskie są odpowiedzialne za zachowanie na obszarach wchodzących w skład sieci NATURA 2000 chronionych walorów w stanie nie pogorszonym, co nie wyklucza jednak ich gospodarczego wykorzystania.
Polskie obszary Natura 2000:
B
* Babia Góra
* Bagienna Dolina Drwęcy
* Bagienna Dolina Narwi
* Bagna Izbickie
* Bagna Nietlickie
* Bagna Rozwarowskie
* Bagno Bubnów
* Bagno Całowanie
* Bagno Całowanie
* Bagno Wizna
* Baranie Góry
* Beskid Niski
* Beskid Sądecki
* Beskid ?ląski
* Beskid Żywiecki
* Białe Błoto
* Białogóra
* Biedrusko
* Bielawskie Błota
* Bieńkowo
* Bieszczady
* Błota Rakutowskie
* Bolickie jeziora lobeliowe
* Boguszyce-Przywory
* Bory Dolnośląskie
* Bór Chrobotkowy
* Brześnicka Węgorza
* Buczyna Szprotawsko-Piotrowicka
* Buczyny Łagowsko-Sulęcińskie
* Budwity
* Bystrzyca Jakubowicka
* Bytowskie jeziora lobeliowe
C
* Cerkiew w Łosiu koło Ropy
* Chełmskie Torfowiska Węglanowe
* Chłodnia w Cieszkowie
* Chmiel
* Cieszyńskie ?ródła Tufowe
* Cyprianka
* Cytadela Grudziądz
* Czarna Orawa
* Czarne Urwisko koło Lutyni
* Czarny Las
D
* Dąbrowa Grotnicka
* Dąbrowa Radziejowska
* Dąbrowa ?wietlista w Pernie
* Dąbrowy Krotoszyńskie
* Dąbrowy Obrzyckie
* Dąbrowy Seroczyńskie
* Debry
* Delta ?winy
* Dębniańskie Mokradła
* Diable Skały
* Dobromierz
* Dobromyśl
* Dobryń
* Dobużek
* Dolina Baryczy
* Dolina Białej Lądeckiej
* Dolina Biebrzy
* Dolina Bobru
* Dolina Bzury
* Dolina Dolnego Bugu
* Dolina Dolnej Narwi
* Dolina Dolnej Noteci
* Dolina Dolnej Odry
* Dolina Dolnej Skawy
* Dolina Dolnej Soły
* Dolina Dolnej Wisły
* Dolina Drwęcy
* Dolina Górnego Nurca
* Dlina Górnej Łabuńki
* Dolina Górnej Łeby
* Dolina Górnej Narwi
* Dolina Górnej Wisły
* Dolina Grabowej
* Dolina Ilanki
* Dolina Iny koło Recza
* Dolina Kłodawy
* Dolina Kostrzynia
* Dolina Krasnej
* Dolina Krąpieli
* Dolina Leniwej Obry
* Dolina Liwca
* Dolina Łachy
* Dolina Łupawy
* Dolina Małej Wełny
* Dolina Neru
* Dolina Nidy
* Dolina Noteci
* Dolina Odry i jezioro Dąbie
* Dolina Odry między Czelinem a Kostrzynkiem
* Dolina Odry Opolskiej
* Dolina Pasłęki
* Dolina Pilicy
* Dolina Pilicy
* Dolina Pliszki
* Dolina Płoni i Jezioro Miedwie
* Dolina Poru
* Dolina Prądnika
* Dolina Radwi, Chotli i Chocieli
* Dolina Regi
* Dolina Reknicy
* Dolina Rużycy
* Dolina Rzeki Wel koło Kopaniarzy
* Dolina Samicy
* Dolina Słupi
* Dolina Sołokiji
* Dolina Stropnej
* Dolina Szyszły
* Dolina ?rodkowego Bugu
* Dolina ?rodkowego Wieprza
* Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego
* Dolina Środkowej Odry
* Dolina Środkowej Pilicy
* Dolina Środkowej Warty
* Dolina Środkowej Wietcisy
* Dolina Środkowej Wisły
* Dolina Tyśmienicy
* Dolina Wełny
* Dolina Widawy
* Dolina Wieprzy i Studnicy
* Dolina Wkry
* Dolina Zwoleńki
* Dolinki Jurajskie
* Doliny Omulwi i Płodownicy
* Doliny Wkry i Mławki
* Dolna Odra
* Dolna Wisła
* Dolny Wieprz
* Dom Dziecka w Puławach
* Dorzecze Parsęty
* Dybowska Dolina Wisły
* Dziczy Las i Dolina Tywy
* Dziergowice (Natura 2000)
F
* Forty Modlińskie
* Forty Nyskie
* Forty Salis Soglio
* Forty w Toruniu
* Fortyfikacje w Poznaniu
G
* Gązwa
* Gierłoż
* Gliniska
* Gogolice-Kosa
* Gorce
* Gościeradów
* Góra św. Anny
* Góry Bialskie i Grupa ?nieżnika
* Góry i Pogórze Kaczawskie
* Góry Kamienne
* Góry Opawskie
* Góry Słonne
* Góry Sowie i Bardzkie
* Góry Stołowe
* Graniczny Meander Odry
* Grądy Odrzańskie
* Grądy w dolinie Odry
* Grodczyn i Homole koło Dusznik
* Grota Zbójnicka na Łopieniu
H
* Hopowo
* Hubale
I
* Izbicki Przełom Wieprza
J
* Janiewickie Bagno
* Jar Rzeki Raduni
* Jaroszowiec
* Jeleniewo
* Jelonka
* Jeziora Czaplineckie
* Jeziora Pszczewskie i Dolina Obry
* Jeziora Raduńsko-Ostrzyckie
* Jeziora Szczecineckie
* Jeziora Uściwierskie
* Jeziora Wdzydzkie
* Jeziora Wełtyńskie
* Jeziorka Chrośnickie
* Jezioro Bobęcińskie
* Jezioro Brenno
* Jezioro Bukowo
* Jezioro Dobskie
* Jezioro Drużno
* Jezioro Gopło
* Jezioro Karaś
* Jezioro Kozie
* Jezioro Krasne
* Jezioro Kubek
* Jezioro Lubie i Dolina Drawy
* Jezioro Łuknajno
* Jezioro Oświn i okolice
* Jezioro Piasek
* Jezioro ?miadowo
* Jezioro Wielki Bytyń
* Jezioro Zgierzynieckie
K
* Kalina-Lisiniec
* Kamień Śląski
* Kamionki
* Kantor Stary
* Kargowskie Zakola Odry
* Karkonosze
* Kemy Rymańskie
* Klasztor w Czernej
* Klasztor w Horyńcu Zdroju
* Kołacznia
* Koło Grobli
* Kopalnie w Złotym Stoku
* Kopanki
* Kosciól w Górkach Wielkich
* Kościół w Konradowie
* Kościół w Radziechowach
* Krogulec
* Krosno - Cigacice
* Krośnieńska Dolina Odry
* Krowie Bagno
* Krzesin-Osiecznica
* Kurze Grzędy
L
* Las koło Tworkowa
* Lasy Barucickie
* Lasy Bierzwnickie
* Lasy Cisowsko-Orłowińskie
* Lasy Gostynińsko-Włocławskie
* Lasy Iławskie
* Lasy Janowskie
* Lasy Lęborskie
* Lasy Łukowskie
* Lasy Mirachowskie
* Lasy Parczewskie
* Lasy Puszczy nad Drawą
* Lasy Skaliskie
* Lasy Sobiborskie
* Lasy Spalskie
* Lasy Strzeleckie
* Lasy Suchedniowskie
* Lasy Żerkowsko-Czeszewskie
* Liceum Ogólnokształcace w Opolu Lubelskim
* Lubnia
Ł
* Ławica Słupska
* Łąka w Bęczkowicach
* Łąki Skoszewskie
* Łebskie Bagna
* Łęgi Czarnej Strugi
* Łęgi Odrzańskie
* Łęgi Słubickie
* Łysogóry
M
* Madohora
* Małopolski Przełom Wisły
* Mamerki
* Masyw ?lęży
* Mawra-Bagno Biała
* Mechowiska Sulęczyńskie
* Miasteckie Jeziora Lobeliowe
* Michałowiec
* Mierzeja Sarbska
* Miękińskie Bagna
* Mirosławiec
* Młosino
* Młyn w Pierśćcu
N
* Na Policy
* Nadnoteckie Łęgi
* Narwiańskie Bagna
* Niebieskie ?ródła
* Niecka Gródecko-Michałowska
* Nieszawska Dolina Wisły
* Nietoperek
* Nowa Sól (Natura 2000)
* Nowosolska Dolina Odry
O
* Odrzańskie Łęgi
* Olszyny Rumockie
* Opactwo Cystersów w Szczyrzycu
* Opole - południe
* Opole - północ
* Opolska Dolina Odry
* Ostoja Augustowska
* Ostoja Borecka
* Ostoja Cedyńska
* Ostoja Drawska
* Ostoja Goleniowska
* Ostoja Gorczańska
* Ostoja Ińska
* Ostoja Jaśliska
* Ostoja Knyszyńska
* Ostoja Lidzbarska
* Ostoja Magurska
* Ostoja Miedwie (d.Jezioro Miedwie i okolice)
* Ostoja nad Baryczą
* Ostoja Nadbużańska
* Ostoja Nadgoplańska
* Ostoja Nadwarciańska
* Ostoja Napiwodzko-Ramucka
* Ostoja Nidziańska
* Ostoja Olsztyńsko-Mirowska
* Ostoja Parczewska
* Ostoja Piska
* Ostoja Poleska
* Ostoja Poligon Orzysz
* Ostoja Proboszczowska
* Ostoja Przedborska
* Ostoja Przemyska
* Ostoja Rogalińska
* Ostoja Sławniowicko-Burgrabicka
* Ostoja Słowińska
* Ostoja Suwalska
* Ostoja ?rodkowojurajska
* Ostoja ?widwie (d. Jezioro ?widwie)
* Ostoja Trzebiatowska
* Ostoja Tyszowiecka
* Ostoja Warmińska
* Ostoja Wielkopolska
* Ostoja Wigierska
* Ostoja Witnicko-Dębnieńska
* Ostoja Złotopotocka
* Ostoje Nietoperzy Beskidu Wyspowego]
* Ostoje Nietoperzy Powiatu Gorlickiego
P
* Pakosław
* Panieńskie Skały
* Paraszyńskie Buczyny
* Pasmo Krowiarki
* Pasmo Policy
* Pastwiska nad Huczwą
* Pełcznica
* Piaśnickie Łąki
* Piekielna Dolina koło Polanicy
* Pieniny
* Płaskowyż Nałęczowski
* Pływające wyspy pod Rekowem
* Pobrzeże Słowińskie
* Podziemia Tarnogórsko-Bytomskie
* Pogórze Przemyskie
* Pojezierze Gnieźnieńskie
* Pojezierze Ińskie
* Pojezierze Mysliborskie
* Pojezierze Sejneńskie
* Pojezierze Sławskie
* Polesie
* Poleska Dolina Bugu
* Police - kanały
* Popówka
* Pradolina Bzury-Neru
* Pradolina Warszawsko-Berlińska
* Przełom Nysy koło Morzyszowa
* Przełom Wisły w Małopolsce
* Przełomowa Dolina Narwi
* Przełomy Pełcznicy pod Książem
* Przybrzeżne wody Bałtyku
* Przymorskie Błota
* Przywidz
* Pustynia Błędowska
* Puszcza Augustowska
* Puszcza Barlinecka
* Puszcza Biała
* Puszcza Białowieska
* Puszcza Bieniszewska
* Puszcza Borecka
* Puszcza Darżlubska
* Puszcza Goleniowska
* Puszcza Kampinoska
* Puszcza Knyszyńska
* Puszcza Kozienicka
* Puszcza nad Gwdą
* Puszcza Napiwodzko-Ramucka
* Puszcza Niepołomicka
* Puszcza Notecka
* Puszcza Piska
* Puszcza Romincka
* Puszcza Solska
* Puszcza Wkrzańska
* Puszcza Zgorzelecko-Osiecznicka
* Rogalińska Dolina Warty
* Roztocze
* Roztocze ?rodkowe
* Rudawy Janowickie
R
* Rzeka Pasłęka
S
* Sandr Brdy
* Schrony Brzeskiego Rejonu Umocnionego
* Sieraków
* Sikórz
* Skałki Stoleckie
* Słowińskie Błoto
* Słubice (Natura 2000)
* Solecka Dolina Wisły
* Staniszewskie Błoto
* Stawska Góra
* Stawy Łężczok (Rezerwat przyrody Łężczok)
* Stawy Przemkowskie
* Stawy Sobieszowskie
* Stawy w Borowej
* Stawy w Brzeszczach
* Stawy Wielikąt i Las Tworkowski
* Sterczów-ścianka
* Strzaliny koło Tuczna
* Studzienickie Torfowiska
* Suchy Młyn
* Suśle Wzgórza
* Szachownica
* Sztolnia w Młotach
* Sztolnie w Leśnej
* Sztolnie w Senderkach
* Sztolnie w Węglówce
* Świdnik
T
* Tatry
* Torfowiska Chełmskie
* Torfowiska Orawsko-Nowotarskie
* Torfowisko Chłopiny
* Torfowisko Młodno
* Torfowisko pod Zieleńcem
* Torfowisko Rzecińskie
* Torfowisko Sobowice
* Torfowisko Węglanowe Śniatycze
* Trzebiatowsko-Kołobrzeski Pas Nadmorski
* Trzy Młyny
* Twierdza Terespol
* Twierdza Wisłoujście
U
* Ujście Ilanki
* Ujście Noteci
* Ujście Odry i Zalew Szczeciński
* Ujście Warty
* Ujście Wisły
* Uroczyska Lasów Janowskich
* Uroczyska Puszczy Drawskiej
* Uroczyska Puszczy Solskiej
* Uroczysko Mosty-Zahajki
W
* Waćmierz
* Wały
* Warmińskie Bociany
* Warnie Bagno
* Wąwóz Złotego Potoku koło Złotego Stoku
* Wielikąt (Natura 2000)
* Wielki Łęg Obrzański
* Wielki Sandr Brdy
* Wielopole (Natura 2000)
* Wisła Środkowa
* Włocławska Dolina Wisły
* Wodny Dół
* Wolin i Uznam
* Wrzosowisko Przemkowskie
* Wydmy Lucynowsko-Mostowieckie
* Wygon Grabowiecki
* Wysoczyzna Elbląska
* Wzgórza Bukowe
* Wzgórza Chęcińsko-Kieleckie
* Wzgórza Kiełczyńskie
Z
* Zachodnie Pojezierze Krzywińskie
* Zachodniowołyńska Dolina Bugu
* Zalew Kamieński i Dziwna
* Zalew Szczeciński
* Zalew Wiślany
* Zalew Wiślany i Mierzeja Wiślana
* Załęczański Łuk Warty
* Zamek Świecie
* Zarośle
* Zatoka Pomorska
* Zatoka Pucka
* Zatoka Pucka i Półwysep Helski
* Zbiornik Jeziorsko
* Zbiornik Mietkowski
* Zbiornik Nyski
* Zbiornik Otmuchowski
* Zbiornik Podedworze
* Zbiornik Turawski
* Zbiornik w Nieliszu
* Zbiornik Wonieść
* Zlewnia Górnej Huczwy
* Żurawce
* Żwirownia Skoki
* Żwirownia w Starej Olesznej.